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Sigmertshausen wird schon unter Anno, der von 854 bis 8 75 Bischof in Freising war, erwähnt. Dieser Bischof nämlich vertauschte eine Kirche in „Sigmarishusir" (bei den Häusern des Sigmar).

Schon früh werden die Herren von Sigmertshausen in den Urkunden von Indersdorf und Freising erwähnt. Vom 12. bis 15. Jahrhundert war der Ort Edelsitz der Sigmars-hauser. 1158 war Hartnit von Sigmarshausen in Schäftlarn bekannt. 1159 erwähnt eine Indersdorfer Urkunde die Namen der Brüder Ortorf und Fridrich von Sigmarshausen. Das Wappen von Chunrat des Sigmershausers vom Jahre 1384 zeigt eine Lilie. Hofmark und Schloß gehen dann durch viele Hände. Im 15. Jahrhundert gehört Sigmertshausen den Adelzhofern, im 16. Jahrhundert den Stinglhaimern, seit 1636 den Muckenthalern, dann den Seibolsdorfern, von denen es Graf Hundt kaufte (das Wappen des Grafen von Hundt ist auf dem Stich von Wenning abgebildet). Im 18. Jahrhundert kam Sigmertshausen an den Grafen Max von Perusa, der das Schloß 1717 an die Familie Unertl verkaufte. 1754 kaufte es der churfürstliche Hofrat Franz Xaver von Ruffini, zu dessen Zeit die Kirche in Sigmertshausen (1755) gebaut wurde.

Das Schloß in Sigmertshausen wurde vor 1800 abgebrochen. An die früheren Schloßherren von Sigmertshausen erinnern heute nur noch die Hausnamen „beim Schloßbauern" und „beim Jager", sowie die Fischweiher, die früher als Schloßweiher eine sehr einträgliche Geldquelle für die Schloßherren waren.
Wie das Schloß in Sigmertshausen ausgesehen hat, kann man am Deckengemälde der Kirche sowie an dem abgebildeten Stich von Wenning (links) ersehen. Sigmertshausen war bis 1978 eine selbständige Gemeinde und wurde im Zuge der Gebietsreform ein Ortsteil der Gemeinde Röhrmoos.