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Baugeschichte. Schon 748, unter Herzog Thassilo III., wird Altötting urkundlich genannt als Amtshof Autinga. Mit Sicherheit enthielt diese Pfalz in ihrem Bereich eine eigene Kirche, Kapelle. Aber damals schon dürfte daneben die turmartige Kapelle in Achtecksform, die jetzige sogenannte „innere Kapelle", gestanden haben. Ihre ursprüngliche Eigenschaft als Taufkapelle leuchtet auch aus der alten Volkslegende, nach der St. Rupert von Salzburg (f um 720) sie erbaut und dort Herzog Odo getauft haben soll. 877 übergab König Karlmann die Kapelle in Ötting an das von ihm zu Ehren der Heiligen Maria und Philippus erbaute Stift. 1228 gründete Herzog Ludwig der Kelheimer ein neues Chorherrenstift mit einer Kirche S. Maria und S. Philipp; in der Folgezeit scheint das Patrozinium S. Maria an die Kapelle auf dem Platz übergegangen zu sein. Als solche wird sie in einem Ablaßbrief von 1263 erstmals benannt. Den ältesten Bauzustand mit halbrunden Bogennischen und romanischem Zeltdach zeigt das Siegel des Neuöttinger Richters Chunrad von 1309. Das gleichzeitige Stadtsiegel von Neuötting (1321) gibt ebenfalls ein Hl. Kapelle mit der darin sitzenden Gottesmutter.

Bald nach 1490 wurde das spätgotische Langhaus mit spitzem Glochen anstelle einer älteren Westvorhalle (Giebelspuren unter dem gebaut, die Gesamtanlage mit einem Bogenumgang umschlosser auch erst das romanische Dach des Oktogons durch den hohen Spitzhelm ersetzt. In seiner heutigen vertrauten Gestalt erscheint das Kirchlein i Joh. Aventins Altöttinger Chronik von 1519.