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Kleinhelfendorfs Ursprung geht wahrscheinlich auf eine urnenfelder-bronze-zeitliche Siedlung zurück, der die Kelten folgten. Eine oberhalb des Emmeramsbrunnens gelegene Erhöhung zeigt Spuren eines nördlichen und zweier Südwälle. Diese Anlage lässt am ehesten auf einen heiligen Bezirk schließen, was die mit einbezogene Emmeramsquelle unterstreicht. In der frühen und mittleren römischen Kaiserzeit kreuzten sich bei ISINISCA, dem heutigen Kleinhelfendorf, zwei Hauptverkehrswege, die von Augsburg nach Salzburg führende Straße und die von Regensburg kommende, über deren weiteren Verlauf noch Unklarheit besteht. Eine Erhebung mit Umwallung südlich von Griesstätt und eine weitere Erhebung beim Pfarrhof zeugen für eine römische Besiedlung.

Ein rätischer Meilenstein wurde in der Nähe von Helfendorf gefunden. Er dürfte um 200 n. Chr. an der Römerstraße Augsburg-Salzburg gestanden sein; heute befindet er sich im Prähistorischen Museum in München. Weitere Funde von der Grabungsstelle am Goldberg und von den Äckern aufgelesene römische Münzen um Helfendorf sind Zeugnisse der römischen Vergangenheit.

Kleinhelfendorf ist ältester Ortsteil und kultureller Mittelpunkt der früheren Gemeinde Helfendorf.

Bei der Gemeindegebietsreform 1978 wurde Helfendorf mit der Gemeinde Aying verschmolzen (derzeit ca. 4.500 Einwohner).